Die Jugendwerkstatt Langenaltheim gGmbH wurde als hundertprozentige Tochter des Vereins der evangelischen Bildungszentren im ländlichen Raum in Bayern e.V. in der Rechtsnachfolge gegründet. Damit bleibt sie organisatorisch eng mit dem Evangelischen Bildungszentrum Pappenheim verbunden.
Das Evangelische Bildungszentrum Pappenheim ist ein Teil des Vereins der evangelischen Bildungszentren im ländlichen Raum in Bayern e.V. Zum Verein gehören außerdem das Evang. Bildungs- und Tagungszentrum Alexandersbad sowie das Evang. Bildungszentrum Hesselberg.
Darüber hinaus ist der Verein Rechtsträger für mehrere Einrichtungen und Dienste, so z. B. für die Landesstelle der Evang. Landjugend i. Bay. mit Sitz in Pappenheim und die Jugendwerkstatt Langenaltheim gGmbH als sozialdiakonischer berufsbegleitender Einrichtung der Jugendhilfe.